天武天皇死后，持统天皇于690年在飞鸟净御原宫即位。694年，便将都城移到尚在建设中的藤原京。在畝傍山、耳成山、香具山这“大和三山”所包围的平原上，模仿唐朝的长安（西安）所建设的是一个前所未有的大都城 —— 藤原京。
天武天皇死后，有继承皇位可能的大津王子被以预谋造反的罪名处死。689年，天武天皇和持统天皇之子——成为皇太子的草壁皇子年仅28岁就病死了，这是持统天皇无论如何也不曾想到过的。这样一来，天武天皇的其他孩子都有可能继承皇位。可是，持统天皇却有自己的打算，她想让草壁皇子的儿子轻皇子继承皇位。但最大的困难在于轻皇子当时只有7岁。于是，持统天皇自己即位，并想着在轻皇子成人后便让位于他 。
历经天智天皇、天武天皇的不断变革，以天皇为中心的政治形态在持统天皇手中得以建立。689年飞鸟净御原令得以推行，律令体制下的国家逐步形成。与690年的庚寅年籍不同,规定每隔6年就制定户籍，推行班田制。
藤原京仿照唐朝的长安而建造，藤原宫基石上立起了涂成朱红色的柱子，建筑了最古老的宫殿。天皇的住所是在内里的大极殿，此外，朝堂院和其他许多的役所等建筑物分列两旁。藤原宫被盖有瓦的围墙包围着，四周的围墙上共有12个门（每面3个）。在围墙两侧挖有濠沟，兼做排水之用。皇宫占地东西约925m，南北约907m。
在藤原宫外侧有贵族等人的住所和寺院。
藤原京正中有称为“朱雀大路”的城中最宽广的道路，发掘调查的结果，宽达19m，西侧估计有4m宽的侧沟。200m的路尽头就是朱雀门，由此往南1.5km处便是知名的罗生门。
持统天皇697年让位给15岁的轻皇子(文武天皇)，成为太上天皇（上皇）。持统天皇退位后也掌握着实权，形成持统太上天皇和文武天皇共同执政的体制，并加紧对于律令制度的整理与完备。
大友皇子(弘文天皇)之子葛野王是帮助轻皇子即位为文武天皇的功臣。正是他向持统天皇指出，为免爆发内乱，应该由直系子孙而不是兄弟来继承皇位。虽然也有对年幼的轻皇子即位表示反对的人，但在持统天皇掌握权力后，葛野王的建议得以实施，最终由天武天皇的直系轻皇子继承了皇位。
由于藤原镰足的长子定慧出家了，所以继承藤原家的是次子不比等。持统朝时在藤原不比等、刑部亲王等人的努力下,701年完成了《大宝律令》。以唐朝的律令做为范本而制定的《大宝律令》，对后世影响很大(律=刑法，令=租税·劳役·行政组织·役人从事的工作等)。在中央设置神祗官和太政官，以及大藏省、宫内省、中务省等八省，地方则放置了国(国司)·郡(郡司)·里(里长)。这样，以天皇为中心的集权制国家终于形成了。
藤原京在694年到710年之间，成为持统天皇、文武天皇、元明天皇三代天皇的都城。
律令官制図
神祇官（じんぎかん） － 神祇・祭祀を担当
太政官（だいじょうかん）－ 一般行政事務担当
中務省（なかつかさしょう）－詔書作成
式部省（しきぶしょう）－文官の人事
治部省（じぶしょう）－仏事・外交
民部省（みんぶしょう）－民政・税
兵部省（ひょうぶしょう）－軍事
刑部省（ぎょうぶしょう）－裁判・刑罰
大蔵省（おおくらしょう）－財政
宮内省（くないしょう）－宮中事務
弾正台（だんじょうだい）－官吏の監察
五衛府（ごえふ）－衛門府・左右兵衛府・左右衛士府－軍事組織
左右京職（きょうしき）・摂津職（せっつしき）・大宰府（だざいふ）－重要な地域に置いた特別官庁
《大宝律令》颁布之后的702年，持统天皇离开人世。象追赶她那样，707年，文武天皇年仅25岁就死去了。本打算由藤原不比等之女藤原宫子和文武天皇所生的首皇子继承皇位。可是,首皇子当时才只有7岁，于是文武天皇的母亲即位成为元明天皇。
710年，元明天皇在藤原京以北建筑了新的都城平城京并予迁都。715年,首皇子14岁的时候，皇位被转给冰高皇女，即元正天皇。718年，以藤原氏自己的利益为中心的《养老律令》出台，内容与《大宝律令》相比变化不大。首皇子24岁时，元正天皇将皇位让给他，于是首皇子即位，成为圣武天皇。不比等在此之前就将女儿光明子送入宫中，其子武智麻吕等人在不比等死后诬陷长屋王谋反而将其消灭，顺利地使光明子成为圣武天皇的皇后（在此之前，非皇族的人是不能成为皇后的，长屋王正是以此为由反对立后），这充分显示藤原氏已牢固地把持着朝廷的实权。(此后，藤原家很长时间内都采取这种联姻手段控制皇室)
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